Trong số viên chức bị buộc thôi việc có bà Phạm Thị Xuân Mai đã bị TAND tỉnh Bình Định xử phạt 12 tháng tù về tội làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan.
Đại diện Vụ Tổ chức cán bộ Bộ GTVT xác nhận, từ khi bị khởi tố (tháng 5/2012), bắt giam (tháng 9/2012) đến khi bị TAND TC kết án tử hình, cựu Chủ tịch Vinalines, cựu Cục trưởng Cục Hàng hải vẫn được trả lương. Năm 2013, Dũng còn được tăng lương theo chế độ.