Cáo trạng xác định trong vụ án này, Châu Thị Thu Nga là chủ mưu, chỉ đạo các bị can khác thực hiện phạm tội và hưởng lợi toàn bộ số tiền chiếm đoạt được.
Trần Trung Dũng chỉ đạo cấp dưới mua hóa đơn, lập khống chứng từ kế toàn để rút, chiếm đoạt từ ngân sách nhà nước và chiếm đoạt tiền thu sự nghiệp của trường.